Nel 2004 Stefan Cerny ha conseguito il diploma con lode in canto al Conservatorio di Vienna, sua città natale, dove nel 1998 si era già diplomato con lode nella sezione Musical Operette e Chanson.  Inoltre, nel 2003 è vincitore del concorso “Wiener Fidelio Wettbewerbs”.

Dal 2006 al 2009 Stefan Cerny è stato membro dell'ensemble dell'Opera popolare di Vienna, alla quale continua ad essere legato come ospite.

Negli anni si è esibito al Festival di Bregenz, al Theater an der Wien, al Teatro di Stato di Norimberga, alla Filarmonica di Dresda, al Festspielhaus di Baden-Baden, in tour con l'Opera di Vienna a Tokyo, ai Festival di Santa Margherita, al Teatro Comunale di Klagenfurt, ai Teatri di Salisburgo, Linz e St. Pölten, allo Stadttheater Baden bei Wien, al festival dell'opera di Jennersdorf ("J:Opera"), al festival della Kameropera di Lana, al festival di Feldkirch, al teatro di Vienna e al teatro Raimundtheater di Vienna.

È diventato famoso al grande pubblico come Leone nell’Attila di Verdi di Peter Konwitschny in seguito alla trasmissione televisiva della produzione del Theater an der Wien.

Sempre al Theater an der Wien è stato Priore ne la Straniera a fianco di Edita Gruberova e

Doktor /Wozzek nella produzione di Robert Carsen.

Dal 2021 ricopre il ruolo di “primo basso” nell’ Ensemble dell'Opera di Stato di Vienna.

Il suo repertorio comprende: Sarastro / Zauberflöte, Rocco / Fidelio, Leporello / DonGiovanni, Eremita / Freischütz, Zuniga / Carmen, Figaro e Bartolo / Nozze di Figaro, Herr Reich / Allegre Comari di Windsor, Sparafucile / Rigoletto, Basilio / Barbiere di Siviglia, Poeta / Viva la Mamma, Angelotti e Sagrestano / Tosca, Truffaldin / Ariadne auf Naxos, 1. Nazareno / Salome, Nachtwächter /  Meistersinger von Nürnberg, Lefort / Zar und Zimmermann, Timur / Turandot, Grenvil / Traviata.